آزمایشگاه باید سيستم تهویه مناسب داشته باشد تا از تجمع بخارات و گازهای سمی در فضای عمومی آزمایشگاه ممانعت گردیده، دما به خوبی کنترل شده، تجهيزات به درستی کار کرده و ایمنی و آسایش کارکنان و مراجعه کنندگان تامين گردد.

سيستم تهویه آزمایشگاه در شرایط ایده آل به نحوی است که بين 16-12 بار (حداقل 6 بار) در هر ساعت تعویض هوا صورت گيرد و نحوه طراحی باید طوری باشد که هوای تميز وارد و هوای قبلی به طور کامل خارج گردد.

رطوبت در آزمایشگاه باید در حد متعادل حفظ شود. سطح رطوبت کمتر از 20% باعث ایجاد الکتریسیته ساکن و رطوبت بالای 50% باعث بهم چسبیدن مواد میگردد.
آزمایشگاه می بایست سيستم مناسب گرمایش و سرمایش داشته باشد، دامنه تغييرات ایده آل 5 +/- درجه سانتی گراد است.

تمامی اتاق های کار نسبت به راهرو ها باید فشار منفی داشته باشد بطوریکه هوا از نواحی تميزتر جریان یابد و از بخش های آلوده تر (مثل باکتریولوژی) توسط هود مناسب خارج شود.
باید توجه داشت که هوای خروجی از آزمایشگاه نباید در جای دیگری جریان یابد و خروجی هوای هواکش ها باید طوری تعبيه شود که برای ساکنان ساختمان خطرساز نباشد.

محل انجام فعاليت های مخاطره آميز و محل قرار گرفتن هودها از هر نوع می بایست تا حد امکان از در ها دور باشند.
هودها باید در مکانی قرار گيرند که امکان نصب کانال جهت ارتباط با فضای بيرون (در صورت نياز ) به راحتی ميسر باشد.
تعيين نوع هودهای مورد استفاده در آزمایشگاه براساس تعيين سطح ایمنی زیستی (BSL) و با توجه به فعاليت های آزمایشگاه صورت می گیرد.

اکثر آزمایشگاه ها تشخيص طبی در سطح ایمنی زیستی 2 هستند . و بطور معمول بایستی از هودهای لامینار کلاس II استفاده نمایند.

در مکانهایی که با ميکرارگانيسم های پرخطر مانند مایکوباکتریوم توبرکولوزیس، بروسلا، قارچ ها و ….کار می شود، استفاده از هودهای بيولوژیک کلاس II ضروری است.

طراحی سطح 3 و 4 مخاطرات ایمنی زیستی برای آزمایشگاه هایی کاربرد دارد که کارکنان آن ها با عوامل عفونی پر خطر یا نا شناخته ای کار می کنند که تنفس آن ها باعث مرگ یا بيماری های جدی و خطرناکی می گردد. به دليل مخاطره آميز بودن این عوامل عفونی باید تمهيدات خاصی برای کار با آن ها در نظر گرفته شود. هودهای لامینار کلاس III در چنین محیطهایی استفاده می شود.